Функции ЕМИСЗ РК включают в себя персонифицированный учет оказанной медицинской помощи, взаимодействие при расчетах за оказанную медицинскую помощь, удаленный мониторинг состояния здоровья отдельных категорий пациентов, управление потоками пациентов, ведение лекарственным обеспечением; архивное хранение медицинских изображений и предоставление доступа к ним.